İlçemizin tarihi çok eskilere dayanmaktadır. “İskilip” kelimesinin doğru-direkt-amud manasına gelen Yunanca (İtlus) kelimesinin galat olarak kullanılması sonucu ortaya çıktığı kaydedilmektedir. Yine Bizans çağında İskilip'e Neoklauniopolis denilerek, Paflagonya tarihine ait kitaplarda Asklepios yani sağlık ilahı manasına geldiği de kayıtlar arasına geçmiştir.
İskilip’te Etiler, Galatlar, Paflagonyalılar, Roma ve Bizanslılar yaşamıştır. Selçuklu Sultanı Alparslan’ın 1071’deki Malazgirt Zaferinden sonra Türkler Anadolu’ya yerleşmişlerdir. İskilip 1075 tarihinde Selçuklu Komutanı Gümüştekin Ahmet Gazi tarafından fethedilmiştir. Yıldırım Beyazıt zamanında da Osmanlı hâkimiyetine girmiştir.
İlçemiz, Osmanlı Dönemi’nde Kastamonu, Amasya, Yozgat ve Ankara sancaklarına bağlı kalmış sonra Çorum sancağına bağlanmıştır. Evliya Çelebi 17. yüzyıl ortalarında İskilip'e uğramış, İskilip'in 150 akçelik Şerif kaza olduğunu, şehir teşkilatında Sipahi Kethüda yeri, Yeniçeri Serdarı, Şehir Subaşısı ve Şehir Kethüdası bulunduğunu ifade etmiştir. Cumhuriyet devrinde Çorum iline bağlı bir ilçe olarak bugüne kadar gelmiştir. Osmanlı dönemi coğrafyasında İskilip'e ait olan birçok alan bugün Çankırı, Kastamonu ve merkez ilçeye (Çorum) dâhil edilmiştir. İskilip, idari anlamda içinden en çok ilçe çıkaran tek ilçedir. İskilip'ten üç adet ilçe çıkarılmıştır: 1958'de Bayat, 1987'de Uğurludağ, 1990'da Oğuzlar.
İskilip’in yüzölçümü 1.187 km. kare, rakımı 720 metredir. Türkiye'nin en uzun akarsuyu olan Kızılırmak’ın 38 km’lik kısmı İskilip’in sınırları içerisindedir. Toplam nüfusu 31.027’dir (2020 yılı). İskilip’te tarihi olarak birçok eser bulunmaktadır. İlçemizin ortasında yükselen İskilip Kalesi Hititler döneminde yapılmıştır. İlçemizde ayrıca Paflagonyalılar dönemine ait kaya mezarları, Osmanlı dönemine ait onlarca cami, mektep, türbe, hamam, konak ve çeşme bulunmaktadır.
İskilip, Selçuklular ve Osmanlılar devrinde “Anadolu'nun İlim Yuvası” olarak tanınmıştır. Kâmusu Âlem ve Tâcu’t-Tevârîh'te İskilip’in bir ziyaretgâh yeri olduğundan, ilim ve irfanın burada yükseldiğinden uzun uzun bahsedilmektedir. İskilip’in önde gelen âlimleri şunlardır:
Şeyh Muhyiddîn-i Yavsî (ö. 920/1514): Şeyhülislâm Ebüssuûd Efendi’nin babası ve Bayramî-Şemsî şeyhi. Yavsî lakabı kendisine, ilme kene (yavsı) gibi yapışmasından dolayı II. Bayezid tarafından verilmiştir.
Şeyhulislâm Ebu’s-Suûd Efendi (ö. 982/1574): “Müfti’l-Enâm, Şeyhulislâm, Sultânü’l-Müfessirîn, Muallim-i Sânî, Allâme-i Kül, Ebû Hanîfe-i Sânî” unvanlarıyla anılan Osmanlı Şeyhülislâmı (Kanuni Sultan Süleyman ve II. Selim Dönemi).
Molla Câfer Çelebi (ö. 978/1570): Şeyhülislâm Sun‘ullah Efendi’nin babası ve Kanûnî Sultan Süleyman devrinin tanınmış âlimi.
Şeyhulislâm Sun‘ullâh Efendi (ö. 1021/1612): Molla Câfer Çelebi’nin oğlu ve Osmanlı şeyhülislâmı (III. Mehmed ve I. Ahmed Dönemi).
Şeyh Muslihiddîn Attâr: Akşemseddin Hazretleri'nin halifesi.
Serbestzâde Ahmed Hamdi Efendi (1864-1939): Sultan II. Abdülhamid’in özel iltifatlarına mazhar olan son devir tefsir âlimi ve şair.
Mehmed Atıf Efendi (1875-1926): Son devir mazlum âlimlerinden.
Akşemseddin Hazretleri’nin Beypazarı’nda iken halkın büyük rağbet gösterip etrafına toplanması üzerine İskilip ilçemizdeki Evlik köyüne çekildiği, evladı Nûru’l-Hüdâ ile biraderlerinin burada vefat ettiği, buradan sonra Göynük’e yerleştiği bilinmektedir. Akşemseddin Hazretleri’ne ait bazı hatıralar ve ailesinin mezarları Evlik köyündedir. Halifesi Şeyh Muslihiddîn Attâr’ın o dönem İskilip’te binlerce müridinin olduğu kaydedilmektedir.
İskilip Müftülüğü hizmet binası, mülkiyeti Türkiye Diyanet Vakfı İskilip Şubesi’ne ait İlçemiz Bahabey Mahalllesi Akşemsettin Caddesi üzerinde, giriş katı Çakmakdede Camii, 1. ve 2. kat Müftülük dairesinden oluşan bir sitedir. Site, Türkiye Diyanet Vakfı İskilip Şubesi bünyesinde halkımızın destekleriyle yapılmış olup 1989 yılında hizmete açılmıştır.
İlçemizde Müftülüğümüze bağlı toplam 192 cami bulunmaktadır. Bunların 39 tanesi ilçe merkezindedir. Tamamı dolduğunda Müftülüğümüze bağlı toplamda 230 görevli ile hizmet verilmektedir.
Müftülüğümüze bağlı 1 tane A sınıfı Yatılı Erkek Kur’an Kursu bulunmaktadır. 8 Nisan 2016 tarihinde temeli atılan ve 4 Ekim 2021 tarihinde açılışı yapılan Ebussuud Efendi Erkek Kur’an Kursu 80 yatak kapasitelidir. Kursumuzun zemin kısmında yatılı kurstan tamamen bağımsız 30 kişilik 4-6 Yaş Kur’an Kursu sınıfları bulunmaktadır. Kursumuzun bünyesinde fiziki olarak hafızlık sınıfları, etüt sınıfları, bilgisayar odası, misafirhaneler, 4’er kişilik 16 adet yatakhane, yemekhane, revir, konferans/sinema salonu, spor salonu ve sosyal bölümler yer almaktadır.
Ebussuud Efendi 4-6 Yaş Kur’an Kursu’ndan başka, Erenler 4-6 Yaş Kur’an Kursu ve 6 tane de hanımlara yönelik C sınıfı Kur’an Kursumuz bulunmaktadır.